ต่อจากนั้น ก็ได้ทรงปรับปรุงหน้าที่ของกรมต่าง ๆ ที่มีอยู่แต่เดิมให้เป็นระเบียบเรียบร้อยโดยรวมกรมต่าง ๆ ที่มีอยู่มากมายเวลานั้นเข้าเป็นกระทรวง กระทรวงหนึ่ง ๆ ก็มีหน้าที่อย่างหนึ่ง หรือหลายอย่างพอเหมาะสม

กระทรวงซึ่งมีอยู่ในตอนแรก ๆ เริ่มแถลงราชสมบัตินั้นเพียง ๖ กระทรวง คือ

๑. กระทรวงมหาดไทย มีหน้าที่ปกครองหัวเมืองฝ่ายเหนือ

๒. กระทรวงกลาโหม มีหน้าที่ปกครองหัวเมืองฝ่ายใต้ และการทหารบก ทหารเรือ

๓. กระทรวงนครบาล มีหน้าที่บังคับบัญชาการรักษาพระนคร คือปกครองมณฑลกรุงเทพ ฯ

๔. กระทรวงวัง มีหน้าที่บังคับบัญชาการในพระบรมมหาราชวัง

๕. กระทรวงการคลัง มีหน้าที่จัดการอันเกี่ยวข้องกับต่างประเทศ และการพระคลัง

๖. กระทรวงเกษตราธิการ มีหน้าที่จัดการไร่นา

เพื่อให้เหมาะสมกับสมัย จึงได้เปลี่ยนแปลงหน้าที่ของกระทรวงบางกระทรวง และเพิ่มอีก ๔ กระทรวง รวมเป็น ๑๐ กระทรวง คือ

๑) กระทรวงการต่างประเทศ แบ่งหน้าที่มาจากกระทรวงการคลังเก่า มีหน้าที่ตั้งราชทูตไปประจำสำนักต่างประเทศ เนื่องจากเวลานั้นชาวยุโรปได้ตั้งกงสุลเข้ามาประจำอยู่ในกรุงเทพ ฯ บ้างแล้ว สมเด็จกรมพระยาเทววงศ์วโรปการ เป็นเสนาบดีกระทรวงนี้เป็นพระองค์แรก และใช้พระราชวังสราญรมย์เป็นสำนักงาน เริ่มระเบียบร่างเขียนและเก็บจดหมายราชการ ตลอดจนมีข้าราชการผู้ใหญ่ผู้น้อยมาทำงานตามเวลา ซึ่งนับเป็นแบบแผนให้กระทรวงอื่น ๆ ทำตามต่อมา

๒) กระทรวงยุติธรรม แต่ก่อนการพิจารณาพิพากษาคดีไม่ได้รวมอยู่ในกรมเดียวกัน และไม่ได้รับคำสั่งจากผู้บังคับบัญชาคนเดียวกัน เป็นเหตุให้วิธีพิจารณาพิพากษาไม่เหมือนกัน ต่างกระทรวงต่างตัดสิน จึงโปรด ฯ ให้รวมผู้พิพากษา ตั้งเป็นกระทรวงยุติธรรมขึ้น

๓) กระทรวงโยธาธิการ รวบรวมการโยธาจากกระทรวงต่าง ๆ มาไว้ที่เดียวกัน และให้กรมไปรษณีย์โทรเลข และกรมรถไฟรวมอยู่ในกระทรวงนี้ด้วย

๔) กระทรวงธรรมการ แยกกรมธรรมการและสังฆการีจากกระทรวงมหาดไทย เอามารวมกับกรมศึกษาธิการ ตั้งขึ้นเป็นกระทรวงธรรมการมีหน้าที่ตั้งโรงเรียนฝึกหัดอาจารย์ฝึกหัดบุคคลให้เป็นครู สอนวิชาตามวิธีของชาวยุโรป เรียบเรียงตำราเรียน และตั้งโรงเรียนขึ้นทั่วราชอาณาจักร